Il Museo Herbarium di Cagliari ebbe origine intorno al 1858 con le prime raccolte sarde di Patrizio Gennari, anche se la sua nascita ufficiale viene fatta coincidere con quella dell’Orto Botanico, avvenuta nel 1866.

Dopo il primo catalogo redatto dallo stesso Gennari nel 1874 occorre arrivare al 1928 per avere dati quantitativi sull’Erbario dell’Università di Cagliari, quando Elisa Cao, allieva di Eva Mameli Calvino, si laureò con una tesi sulla vegetazione spontanea e avventizia dell’Orto Botanico di Cagliari, riportando anche i dati relativi “alle piante secche esistenti nell’Istituto”. Tale patrimonio constava di circa 42.000 exsiccata.

Durante la Seconda Guerra Mondiale i faldoni d'erbario, insieme con i libri della biblioteca, furono trasferiti in una chiesa sconsacrata di Ghilarza in provincia di Oristano, in quanto l’Orto Botanico, per tutta la durata del conflitto, fu sede di un presidio di cavalleria. Alla fine della guerra, riportati i faldoni in sede, a causa di un periodo di abbandono tra il 1948 e il 1950, si constatò la perdita di parecchi campioni. Nel 1955 Giuseppe Martinoli, allora Direttore dell’Istituto e Orto Botanico, avviò i lavori di ristrutturazione, ordinazione e stima del materiale d'Erbario che durarono circa quindici anni. L’erbario fu ordinato secondo la disposizione riportata in Barbey (1884). I fascicoli d’erbario, anticamente collocati in scaffalature di legno prima e metalliche poi, oggi, secondo i più recenti protocolli, sono conservati in armadi chiusi tenuti in un ambiente climatizzato in modo da garantire l’integrità degli exsiccata senza ricorrere a trattamenti antiparassitari chimici.

Attualmente il Museo Herbarium custodisce più di 65.000 campioni di piante vascolari. Piante pressate, essiccate e allestite su fogli d’erbario con alta valenza scientifico-applicativa, storico-culturale ed educativa, riconosciute dal MiC (Ministero della Cultura) come beni culturali (Beni naturalistici-Botanica).

A questo patrimonio sono da aggiungere le collezioni di Piante Coltivate provenienti dall’Orto Botanico, un Erbario Farmaceutico, le collezioni crittogamiche (Algologica, Lichenologica, Briologica e Micologica) e ancora le collezioni storiche come l’Herbarium Henry Keller e una antica Cecidoteca.

Le attività del Museo sono legate alla ricerca scientifica botanica e hanno un ruolo fondamentale nella didattica, nella conservazione, nell’incremento e catalogazione informatizzata delle collezioni vegetali. Inoltre, offre un servizio di supporto ad altre discipline dell’Ateneo con la certificazione e conservazione dei voucher specimen relativi a lavori di etnofarmacologia, fitochimica, biochimica, tossicologia e farmacologia.

Nell’ambito della terza missione il Museo Erbario è aperto a iniziative che coinvolgono le scolaresche di ogni ordine e grado, attraverso laboratori didattici dedicati, permettendo ai giovani visitatori di avvicinarsi alle attività scientifiche che in esso hanno luogo. Il Museo Erbario partecipa al Progetto Alternanza Scuola Lavoro e a tutte le manifestazioni rivolte alla cittadinanza.