L'assetto istituzionale e organizzativo dell’Ateneo di Cagliari è articolato in 4 aree: Organi accademici, Direzioni operative, Unità di staff e altri organi.
La struttura organizzativa prevede come organi di governo il Rettore, i Prorettori e delegati, il Senato accademico e il Consiglio di amministrazione, come organo di gestione il Direttore Generale e come organi di controllo il Nucleo di valutazione e il Collegio dei revisori dei conti.
Sono inoltre previsti un Comitato unico di garanzia e un Garante degli studenti.