L'AOU è costituita dal P.O. San Giovanni di Dio, dal P.O. Duilio Casula. L'obiettivo dell'Azienda è l'integrazione dell'attività assistenziale con la ricerca scientifica e la formazione universitaria.

L'Azienda Ospedaliero Universitaria di Cagliari, istituita con deliberazione della Giunta Regionale n. 13/1 del 30.3.2007, adottata in base all’art. 1 comma 3 della L.R. 28 luglio 2006 n. 10, è operativa dal 14.05.2007.

L’azienda attualmente ha sede legale in Cagliari presso Via Ospedale, n. 54, 09124 – Cagliari.

Garantisce le prestazioni istituzionali attraverso i Presidi Ospedalieri del Duilio Casula e del San Giovanni di Dio, nonché attraverso le altre strutture universitarie attualmente operanti presso la ASL Cagliari che verranno integrate sulla base di specifici accordi, in virtù di quanto previsto dalla Delibera di Giunta n.13/1 del 30.3.2007.