La sezione Botanica ha sede in via Sant’Ignazio da Laconi n 13, presso gli spazi che dal 1858 ospitano l’Orto Botanico di Cagliari. Le principali attività dei ricercatori della sezione riguardano ricerche di base e applicate sulla diversità vegetale per la conservazione e l’uso sostenibile delle risorse vegetali. Le indagini sono condotte a tutti i livelli di organizzazione della vita vegetale, dalle indagini molecolari e fitochimiche al livello di specie, popolazione, comunità e paesaggio vegetale. Presso la sezione Botanica si trova l’Erbario (Museo Herbarium CAG), laboratorio di interesse sistematico, fitogeografico ed ecologico.