Il Dipartimento di Scienze chirurgiche opera presso la Cittadella Universitaria di Monserrato (Blocco I), in cui ha sede la Direzione e la Segreteria amministrativa e in cui vengono svolte le principali attività didattiche e di ricevimento studenti. Parallelamente, le maggiori infrastrutture dove il Dipartimento svolge le proprie attività di ricerca e clinico-assistenziali sono i diversi presidi medico-ospedalieri dislocati nel territorio cittadino:

- Policlinico Universitario Duilio Casula

- Presidio Ospedaliero San Giovanni di Dio

- Ospedale Santissima Trinità

- Arnas G. Brotzu