Le principali infrastrutture in cui opera il Dipartimento di Scienze Chirurgiche sono situate nei seguenti presidi:
- Policlinico Universitario Duilio Casula
- Cittadella Universitaria di Monserrato (Blocco I)
- Presidio Ospedaliero San Giovanni di Dio
- Palazzo degli Istituti Biologici
- Ospedale Santissima Trinità
- Servizio di Biologia Molecolare.