La citometria a flusso  è una tecnica multiparametrica di laboratorio capace di analizzare, quantificare e separare cellule o microparticelle in una sospensione liquida; si differenzia dalla microscopia per l’elevato numero di cellule processabili in ogni sessione analitica, nonchè per la tipologia di campione: sospensione cellulare monodispersa (cellule, tessuti, microparticelle).

L’analisi dei dati conseguente provvede una statistica esatta delle popolazioni presenti nel campione iniziale. Solitamente si utilizzano anticorpi monoclonali legati a fluorocromi che interagiscono con precise molecole sulla superficie o all’interno delle cellule bersaglio, dette antigeni. Sfruttando questo legame è possibile individuare se una determinata cellula abbia o meno un preciso antigene e quindi caratterizzarla.

I due segnali che permettono di identificare le caratteristiche fisiche delle popolazioni cellulari sono correlabili alle dimensioni e alla complessità delle cellule. Se si osserva una cellula “in controluce”, si misura un segnale legato alla diffrazione (scatter) che è in relazione al diametro cellulare (Forward Scatter o FCS). Se ci si pone ortogonalmente al fascio, si misura un segnale legato sostanzialmente alla riflessione e alla rifrazione (Side Scatter o SSC) dovute alla granulosità cellulare, al rapporto nucleo/citoplasma e alla irregolarità della superficie cellulare. Da questi due semplici parametri, analizzando un campione di sangue, la citometria a flusso permette di distinguere già le tre maggiori popolazioni leucocitarie come se le si guardasse a un microscopio.