Molden 6.6 su MacOS Mojave

02 gennaio 2021

Molden è un programma di chimica computazionale prodotto da Gijs Schaftenaar, largamente impiegato per l'analisi dei file prodotti da programmi computazionali come Gaussian, Dalton, Molcas, ADF e diversi altri. Grazie a Molden anche gli studenti possono - per esempio - studiare le superfici di isodensità degli orbitali atomici o molecolari e visualizzare gli spettri vibrazionli calcolati.

Benché i file binari siano disponibili (vedi qui in Macs in Chemistry), potresti voler compilare Molden 6.6 nella versione a 64 bit che gira su macOS Mojave (10.14). Nota che non avrai bisogno di Fink o di MacPorts.

1) Per prima cosa utlizza l'App Store per installare l'ultima versione di Xcode (11.3 al momento) – è gratuita. Questo ti fornirà una suite completa di software di sviluppo, ma in particolare il compilatore gcc. 

2) Molden utilizza X11 per la grafica. Ti occorrerà quindi un'installazione di X.Org X Window System che funzioni sotto macOS. Ti consiglio di scaricare XQuartz da qui e installarlo. La versione attuale 2.7.11 funziona perfetttamente (questo è il  collegamento diretto). Scarica il file dmg, aprilo ed esegui XQuartz.pkg, seguendo semplicemente le istruzioni.

3) Ora ti occorre un compilatore Fortran. Consiglio lo GNU Fortran Compiler gfortran 8.2. Si può trovare in diverse versioni su  http://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries#MacOS. Collegamenti diretti sono riportati su http://hpc.sourceforge.net, dove troverai anche le versioni per Catalina e Big Sur. Un collegamento diretto per scaricare gfortran 8.2 è disponibile qui. Troverai di nuovo un file dmg: aprilo (doppio click) ed esegui gfortran.pkg. Verifica ora che tutto vada bene prima di procedere oltre. Apri il terminale nelle applicazioni (/Applications/Utilities/Terminal.app) e digita:

make -v

Dovresti ottenere 

GNU Make 3.81 Copyright (C) 2006 Free Software Foundation, Inc.

This is free software; see the source for copying conditions.

There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

This program built for i386-apple-darwin11.0

Quindi digita:

gfortran --version

Dovresti ottenere:

GNU Fortran (GCC) 8.2.0 Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.

This is free software; see the source for copying conditions.

There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

4) Ora è il momento di scaricare il codice sorgente di Molden 6.6. Apri il terminale (/Applications/Utilities/Terminal.app) e digita:

cd Desktop

curl ftp://ftp.cmbi.umcn.nl/pub/molgraph/molden/molden6.6.tar.gz -o molden6.6.tar.gz

Finito lo scaricamento del file, chiudi pure il terminale e osserva la Scrivania. Fai un doppio click su molden6.6.tar.gz e ti ritroverai con una nuova cartella chiamata molden6.6. Finalmente sei pronto a compilare Molden. Riapri il terminale e digita: 

cd Desktop/molden6.6

per portarti nella cartella giusta. Ora:

make all

Non ti preoccupare degli avvisi, non avranno conseguenze sul file compilato.

5) Ora è il momento di eliminare i file originali:

rm -r *.o *.c *.f *.log *.old *.g77 *.f.g77

rm -r */*.o */*.c */*.f */*.h */*.bak

I file eseguibili si trovano nella cartella bin. Prova ad eseguire Molden 6.6 digitando:

./bin/molden

o

./bin/gmolden

per la versione OpenGL. Per accedere a Molden dal menu delle Applicazioni, sposta la cartella dalla Scrivania alla cartella Applicazioni. 

6) Questo è quanto. Ora potrai utilizzare Molden 6.6 sul tuo sistema macOS Mojave!  

Penso sia tutto chiaro. Comunque se dovessi trovare difficoltà scrivimi per e-mail.

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