Superata una piccola zona di accoglienza con banco e registro visitatori si accede alla sala A nella quale sono custoditi arredi realizzati in legno di castagno e intagliati a mano dove sono riprodotte scene di vita popolare della Sardegna.

Di seguito si accede alla sala B dove sono conservati i reperti scheletrici umani di varie epoche con particolari caratteristiche morfologiche e patologiche. è inoltre esposta una serie di calchi di crani di Catarrine che descrivono le varie tappe dell’evoluzione sino a Homo sapiens.

La gran sala C è stata invece destinata all’esposizione dei costumi tradizionali sardi insieme ad un selezionato campionario di oggetti di valore etnografico costantemente incrementato da donazioni private.

Nella piccola sala D sono state sistemate le due mummie, il feto e la cera anatomica dei gemelli siamesi, che costituiscono la parte non scheletrica della collezione antropologica del Museo.

All’interno del Museo è previsto un ambiente per la didattica, la sala E, che viene utilizzata attualmente come laboratorio attivo di Antropologia sul vivente.

All’interno del Museo è possibile consultare le pubblicazioni, il materiale fotografico e reperti di varia natura e le testimonianze degli studi che il Prof. Maxia ha condotto sulla civiltà nuragica e sull’astroarcheologia. In una teca del corridoio è esposta la collezione di ex-voto.